A inscrição só é confirmada após o pagamento da taxa de R$ 68. O prazo para que isso seja feito é até as 21h59, no horário de Brasília, do dia 25. São isentos da taxa os estudantes concluintes do ensino médio em escolas públicas e os participantes de baixa renda. Uma das novidades deste ano é que o estudante poderá pagar a taxa de inscrição em qualquer agência bancária, casa lotérica ou agência dos Correios.
Aqueles ações de loteria da Malásia que obtiveram isenção no Enem de 2015, não compareceram aos dois dias de provas, mas pretendem pedir nova isenção, devem justificar a ausência, conforme previsto em edital. Haverá campo específico para o esclarecimento no próprio sistema de inscrição.