Nos dois dias de prova, os portões serão abertos às 12h e fechados às 13h, no horário de Brasília. Os estudantes devem ficar atentos ao horário de verão e verificar na localidade onde moram o horário exato do exame. As provas começam a ser aplicadas às 13h30.
No horario mega sena primeiro dia, serão realizadas as provas de ciências humanas e de ciências da natureza, com duração de quatro horas e meia. No segundo dia, os participantes terão cinco horas e meia para resolver questões de linguagens e códigos, redação e matemática.